W latach 1625-1629 Wilno nawiedziło kilka niezwykle groźnych epidemii, które dziesiątkowały jego mieszkańców. Ludzie masowo opuszczali miasto, pozostawiając niejednokrotnie swych bliskich bez opieki, skazując ich na samotną śmierć. Chorzy często leżeli na ulicach lub w zamkniętych domach.
Ojciec Andrzej Bobola wraz z innymi kapłanami nieśli tym opuszczonym i porzuconym swą ofiarną pomoc duchową i materialną. Nie bacząc na możliwość zarażenia się, Ojciec Andrzej opiekował się chorymi i głodnymi ludźmi. Spowiadał wiernych i udzielał im sakramentów świętych, a zmarłych grzebał.
Wielu duchownych oddało swe życie w czasie tych straszliwych epidemii, służąc do końca swym braciom potrzebującym pomocy.
Tradycja przypisuje wstawiennictwu św. Andrzeja Boboli uratowanie Pińska i jego okolic od zarazy w latach 1709 – 1710.